Construída em 1766, durante o reinado de Dom José e administração do governador goiano João Manoel de Melo, a antiga Casa de Câmara e Cadeia manteve o funcionamento do presídio até o ano de 1950. Em 1937, a residência deixou de abrigar a Casa de Câmara quando o governo do estado mudou da Cidade de Goiás para Goiânia, por iniciativa do então governador Pedro Ludovico, planejada para receber a sede do poder administrativo do estado.
O projeto de construção do prédio está no Arquivo Nacional Ultramarino de Lisboa, havendo uma cópia no saguão de entrada do museu. O projeto especificava algumas normas para edificação, como a determinação de que a cadeia seria no térreo e o pavimento superior abrigaria as atividades legislativa e judiciária da antiga capital do estado. O acesso ao presídio seria feito apenas através de alçapões no piso superior.
Localizado na parte alta de uma de suas principais e mais bonitas praças da cidade, que também abriga o imponente Chafariz de Cauda, o edifício é um dos mais belos da Cidade de Goiás. Algumas modificações foram feitas na década de 1950 para oferecer melhores condições ao museu. O acesso à cadeia foi modificado para facilitar as visitas.

O Museu das Bandeiras conta em seu acervo com instrumentos utilizados no garimpo e peças de porcelana, mobiliário e vestimentas que marcam a história da presença portuguesa na Cidade de Goiás, além de objetos indígenas. A presença dos bandeirantes está presente em painéis que caracterizam a sua exploração na região nos séculos XVIII e XIX. Entre esses objetos destaca-se a Cruz de Anhanguera, peça original em madeira de aroeira atribuída ao bandeirante por volta da década de 1720. As inscrições em sua base apontam para 172… sendo o último dígito ilegível. O achado da Cruz se deve a Luiz Ramos de Oliveira Couto, que a localizou em 1914 na Fazenda dos Casados, às margens do ribeirão Ouvidor, no município de Catalão, divisa de Goiás com Minas Gerais. Luiz Ramos utilizou sua influência na época para conseguir trazer a Cruz de Anhanguera para a Cidade de Goiás, sua terra natal, o antigo Arraial de Sant’Anna, fundado por Anhanguera Filho. No dia 17 de setembro de 1918, a Cruz foi instalada à margem do rio Vermelho, em frente a casa da família de Cora Coralina.
Durante 83 anos a Cruz do Anhanguera fez parte da arquitetura vilaboense e foi um dos cartões-postais da cidade, até ser levada pelas águas na grande enchente ocorrida no final de 2001. A Cruz foi localizada muito abaixo, às margens do rio Vermelho, dois dias depois. Desde 2006 faz parte do acervo histórico do Museu das Bandeiras.