Desde o início da colonição em 1722, a Capitania de Goiás foi governada pela Capitania de São Paulo. Somente em 1748 quando foi criada oficialmente, a Capitania de Goiás passou a ter governos próprios. O Palácio Conde dos Arcos na Cidade de Goiás, era a antiga sede do governo do estado. Seu nome é uma homenagem ao primeiro governador da então capitania de Goiás, Dom Marcos de Noronha, o Conde dos Arcos. A sua arquitetura é barroca e ganhou o apelido de “Casa Chata” devido ao seu aspecto alongado.
Quando o Conde dos Arcos chegou a Villa Boa de Goyas, em meados do século XVIII, não encontrou nenhuma residência à altura para hospedar um governador. Comunicou então a Dom João, que autorizou em 1750 a construção da residência oficial. Em 1752 foram compradas de Domingos Lopes Fogaça cinco casas por 6.333 oitavas de ouro, como consta da escritura lavrada em 20 de julho de 1751. Essas casas foram demolidas e no local foi levantado o Palácio do Governo. Sua construção teve início com o Conde dos Arcos mas foi concluída pelo seu sucessor, Conde de São Miguel.

A primeira reforma foi feita em 1854, criando-se um refeitório. Em 1867 o Palácio foi ampliado com a construção de um terraço lateral, dos pilares que sustentam o prédio e grandes esculturas de três bustos de filósofos e deuses da mitologia grega. Foi colocada também uma mesa, feita em pedra-sabão pelo artista Cincinato da Mota Pedreira, e que atualmente está exposta no Museu das Bandeiras, também na Cidade de Goiás.
Em 1937, com a mudança do governo para a nova capital em Goiânia, o prédio passou a abrigar a Prefeitura Municipal de Goiás, e em 1961, no governo Mauro Borges Teixeira, o local foi transformado em monumento histórico e residência de inverno dos governadores. Todos os anos, simbolicamente a capital é transferida, por alguns dias, para a Cidade de Goiás, por ocasião de seu aniversário em 25 de julho.
Outra grande reforma foi feita em 1962, visando oferecer mais comodidade às autoridades do governo. Foram adquiridas nessa ocasião algumas peças de mobiliário antigo junto a famílias vilaboenses. Em 1972, o palácio sofreu uma reforma geral. Ganhou dois telhados, tapetes e uma variedade de lustres, que hoje não fazem parte do seu acervo. Em 1985, o prédio ganhou assoalho e forros. Foi adquirida em antiquários a maioria dos atuais móveis, em variados estilos. O governador Henrique Santillo transformou em 1987 o espaço em centro cultural Palácio Conde dos Arcos, como forma de incentivar as criações artísticas e estimular a presença de visitantes.
O prédio conta a história dos governantes de Goiás, possui mais de 30 cômodos, três pátios com jardins, o maior deles em estilo português, além da riqueza do acervo de mobiliário e peças antigas.